痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。（2）性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。
卵巢巧克力囊肿是巧克力囊肿破裂，会出现突发腹痛，且以下腹部为主，疼痛的程度取决于囊肿的大小和囊肿破裂口的大小，伴有低热。是一种妇科急腹症，要及时就医急诊检查明确诊断，确诊后要急诊手术治疗。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
