晚期恶性巧克力囊肿症状表现为恶病质。妇科检查阴道后穹窿处有散在的硬结节。大多数肿块为横向、固体或半固体。表面凹凸不平，固定，常伴有血性腹水。有时肿大的淋巴结可在腹股沟触及，在腋下或锁骨。
卵巢巧克力囊肿是巧克力囊肿破裂，会出现突发腹痛，且以下腹部为主，疼痛的程度取决于囊肿的大小和囊肿破裂口的大小，伴有低热。是一种妇科急腹症，要及时就医急诊检查明确诊断，确诊后要急诊手术治疗。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。