巧克力囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗两种，其中药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，可能会复发；手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术是本病处理方法。
子宫内膜异位症会引起巧克力囊肿，会有明显的痛经。甚至会影响生育，可以手术进行治疗。然后手术成功以后再配合治疗妇科病。如果不治好，会对怀孕有影响。心态放松，积极治疗。
可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果，定期复查超声检查看看巧囊的大小，如果不长就可以观察看看，长的快就可以手术切除治疗。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。3）不孕。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜病灶移位到了卵巢上，由于是咖啡色，像巧克力，被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。
女性卵巢巧克力囊肿的治疗方法，要根据女性的年龄，对生育的要求来决定，比如生育期的女性，卵巢巧克力囊肿直径大于3个cm，有生育的要求，此时应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，手术之后可以恢复卵巢正常排卵以及盆腔内环境。