一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
疼痛不能表示囊肿越来越严重，而且疼痛的严重程度与囊肿的程度也没有绝对的关系，并不是疼痛越明显，囊肿越严重。确定为卵巢囊肿，首先要确定是良性，还是恶性。手术是治疗卵巢囊肿的唯一办法。如果确定是良性、囊肿又很小，可以先观察，不做治疗。当良性囊肿很大、压迫周围组织，就应手术切除。如果确定囊肿是恶性的，就应及早手术治疗，同时还应配合放射治疗及抗癌药物治疗。
孕期卵巢囊肿的治疗方法如下：
卵巢囊肿其实就是卵巢组织异常增生而引起的肿瘤，可以是良性的或者是恶性的肿瘤，也可以是发生在单侧或者是双侧的。一般多见于20-50岁的女性，可导致女性不孕和激素水平的紊乱。怀孕后出现的卵巢囊肿分为生理性和病理性两种。如果出现一些紧急情况如囊肿蒂扭转或破裂时,临床表现为突发的腹部明显疼痛、恶性呕吐，应该立即就医进行手术治疗！
无症状的可以保守治疗，也可试用一些中医治疗方法，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见，多为良性肿瘤，极少数是恶性肿瘤。可以密切随访，即2－3个月检查一次。
卵巢囊肿一般是手术治疗为主。卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的那种，一分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，可能会自己消失，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，可以使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿一般需要手术治疗。
2cm的卵巢囊肿一般不需要特别治疗，需要进行动态的检查，等下次来例假后做一次子宫附件彩超检查。如果检查子宫附件的时候，发现囊肿比以前更大，并且在5cm以上的时候，需要做外科手术。如果囊肿继续生长，并且生长速度较慢，肿块标记也是很好的，可以服用红金消结胶囊类的药物，服用两周左右，下一次来例假，以确定囊肿的状况。