西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿是“肿块”但并非“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
因为囊肿有些大，药物治疗的效果可能会不好，手术的话可以选择微创手术如腹腔镜。如果不及时手术治疗有囊肿扭转的危险，这样会影响卵巢的功能，还有可能会导致不孕，综合来说做个微创手术比较放心。
囊肿不大，可以暂时先观察，三个月以后复查就可以，盆腔积液分为生理性盆腔积液以及病理性盆腔积液，经期，排卵期盆腔积液会生理性增多，病理性盆腔积液一般与盆腔炎症有关。
盆腔包块不是巧克力囊肿，盆腔包块大多数是指起源于附件的包块，即输卵管和卵巢来源的包块。其中来源于卵巢更多见，盆腔包块有良性和恶性之分。巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。
急性盆腔炎和巧克力囊肿都容易形成盆腔粘连，造成腹痛或发热表现，手术治疗如有困难，是需要药物保守治疗的。要用药物，是比较困难的，但从中医角度来看，属于“症瘕”的范围，采用活血化瘀，止痛消症的中药或成药治疗，还是有一定效果的，可以达到缓解的目的。