女性卵巢巧克力囊肿的治疗方法，要根据女性的年龄，对生育的要求来决定，比如生育期的女性，卵巢巧克力囊肿直径大于3个cm，有生育的要求，此时应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，手术之后可以恢复卵巢正常排卵以及盆腔内环境。
卵巢巧克力囊肿有效治疗方法是腹腔镜剥除术。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受女性激素影响，每月脱落一次，形成月经。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，随着病情的发展，病人可能会出现痛经，持续性下腹疼痛，月经失调，不孕和性交痛等。
卵巢巧克力囊肿没有最佳的治疗方案，要病人具体状况来选择个性化的治疗，如果病人没有生育要求，症状比较轻微时，可以选择不进行任何的治疗，观察就可以。如果症状比较严重，则根据患者的需求选择手术或者是药物性闭经。
子宫内膜异位症会引起巧克力囊肿，会有明显的痛经。甚至会影响生育，可以手术进行治疗。然后手术成功以后再配合治疗妇科病。如果不治好，会对怀孕有影响。心态放松，积极治疗。
可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果，定期复查超声检查看看巧囊的大小，如果不长就可以观察看看，长的快就可以手术切除治疗。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
巧克力囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗两种，其中药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，可能会复发；手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术是本病处理方法。