巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
穿刺治疗巧克力囊肿属于微创治疗，费用通常需要5千元。导致卵巢囊肿的因素有很多，月经期、宫内手术感染和下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常等都会导致卵巢囊肿。遵医嘱治疗，不要急躁。
穿刺治疗巧克力囊肿，属于微创治疗，费用通常需要几百到几千元，巧克力囊肿病情有轻有重，轻度的巧克力囊肿容易治，重度的巧克力囊肿难治，巧克力囊肿病情较轻，治疗容易，费用自然也就相对会低。
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，如果行穿刺检查，通常需要在彩超定位下进行，这种操作加上材料费用，大概需要2千元-3千元，但是各地的医疗定价有所不同，有可能会有一点出入。不过，巧克力囊肿用穿刺是解决不了问题的，因为病灶还是存在的，还是需要手术切除。
卵巢巧克力囊肿治疗费用在2000元-4000元。巧克力囊肿就是子宫内膜异位症引起的，对于巧克力囊肿的治疗，包括药物治疗和手术治疗，除了进行治疗的手术以外，其他的治疗方式都是有可能会复发的。巧克力囊肿的治疗费用，根据所处地区消费水平不同，就诊医院的级别和性质不同。
巧囊穿刺手术各个医院的收费标准不一样的，去正规公立医院比较安全的，收费也比较合理的。术后一个月内是禁止性生活的，大部分来说，禁止性生活主要是为了预防感染和预防子宫内膜异位症复发。一个月以后再去一家医院进行复查。大部分来说应该没有太大的问题。