巧克力囊肿的病人一经诊断，建议尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用药物治疗，对于预防短期内复发可能有一定的帮助作用。还可以选用激素药，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
巧克力囊肿多指卵巢巧克力囊肿，学名卵巢子宫内膜异位囊肿，此疾病属于子宫内膜的一种病变，腹腔镜检查也是目前临床上诊断巧克力囊肿比较好的方法，其他辅助检查，如影像学检查、血清测定等。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，可引起进行性痛经和不孕。引起巧克力卵巢囊肿的原因很多，要去当地正规专业医院进行检查确诊后及时治疗。选择合适的治疗方法都是可以的。
卵巢巧克力囊肿是可以治好，但是在治好以后有可能再次复发。尤其是双侧卵巢巧克力囊肿，而且囊肿又比较大的时候，即使是行腹腔镜手术将囊肿切除，在手术后半年以上有可能再次出现巧克力囊肿。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢内，随着月经周期异位的子宫内膜发生周期性出血，导致了卵巢囊肿。由于其内囊液呈巧克力样，故称为巧克力囊肿。要在腹腔镜下做囊肿切除术，术后药物治3到6个月，预防囊肿复发。