预防巧克力囊肿要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。平时要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止做一些剧烈的体育运动及重体力劳动。
预防巧克力囊肿注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生，不要喝酒抽烟，定期做复查，可以配合活血化瘀药物进行治疗的，必要时可以考虑做微创术。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是子宫内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿。治疗的方法只有手术或者是绝经疗法来治疗。巧克力囊肿手术以后，为了防止复发，术中会冲洗盆腔，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。饮食注意，忌辛辣食物，忌烟酒，多吃水果蔬菜，饮食营养丰富，养成良好的生活习惯，增强抗病能力。
要常吃碱性食物以防止酸性废物的累积，因为酸化的体液环境，是正常细胞癌变的肥沃土壤，调整体液酸碱平衡，是预防肿瘤的有效途径。养成良好的生活习惯，不吸烟，不饮酒。不要过多地吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物。
注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。如已查出患有子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿大于6cm以上者，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累，一旦囊腔内张力突然升高时，囊壁破裂，会形成急腹症。月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。