巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。这些异位的子宫内膜组织与正常子宫组织类似。巧克力囊肿变大，有时会引起痛经，有时会破裂引起剧痛。巧克力囊肿不会发展成癌，概率非常低。囊肿已经超过了5厘米，建议及时手术治疗。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿又叫卵巢子宫内膜异位症，应该生长，在宫腔的子宫内，膜异位到卵巢上，而形成的异位囊肿。临床的主要表现为痛经，同房疼痛，继发性不孕，这些疼痛的表现主要表现为进行性的加重，如果异位囊肿比较大，出现破裂，那么有可能会出现急性腹痛等急腹症的情况。
囊肿不大，可以暂时先观察，三个月以后复查就可以，盆腔积液分为生理性盆腔积液以及病理性盆腔积液，经期，排卵期盆腔积液会生理性增多，病理性盆腔积液一般与盆腔炎症有关。
因为囊肿有些大，药物治疗的效果可能会不好，手术的话可以选择微创手术如腹腔镜。如果不及时手术治疗有囊肿扭转的危险，这样会影响卵巢的功能，还有可能会导致不孕，综合来说做个微创手术比较放心。
巧克力囊肿是“肿块”但并非“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。