巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
巧克力囊肿穿刺要挂妇科，卵巢囊肿治疗分为开腹手术和微创腹腔镜手术治疗，药物治疗效果较差。这种新兴的高科技医疗手段，利用电子成像技术，通过腹腔镜和高科技的手术器械可以进行一些原本必须开放的手术，微创内镜手术除剖宫产外，几乎可以治疗妇科手术，创伤小，出血少，疼痛少，恢复快，住院时间短，术后腹壁光滑如初。
巧克力囊肿穿刺手术主要是在彩超引导下使用穿刺针经阴道后穹隆刺入巧克力囊肿内将液体吸出来。手术并不是很大，但是手术之后巧克力容易复发，而且容易造成巧克力囊肿在穿刺部位种植导致内异症的发生。
巧克力囊肿穿刺抽液术后最少需要休息一个月的时间再同房，一周内适当卧床休息，禁盆浴及阴道冲洗，勤洗勤换内裤，不要劳累，保持外阴的清洁，多补充营养，保持好的情绪。治疗期间也是不要吃太刺激性的食物，不要着凉，注意保暖。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其部位，形成异位囊肿，这不影响生育，费用不是很多的。
卵巢囊肿穿刺术后，如果是经阴道穿刺的，两周之内不要有性生活，注意消炎，其它的没有什么特别注意的。你这期间不要吃辛辣刺激性的食物，以后尽量采取安全措施同房比较好。