巧克力囊肿的治疗原则是永远不会打破囊肿，超声引导下细针穿刺介入治疗是一种理想的方法治疗巧克力囊肿，囊性液体，排水注射硬化性药物，可以杀死所有的异位子宫内膜组织，囊性液体不流动，不会导致复发，不损伤卵巢。
得了巧克力囊肿，有痛经、性交痛、经血改变和不育等麻烦。通常在月经初潮后的几年内，月经是正常的，数年以后则出现逐渐加剧的痛经。囊肿破裂时，可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。可以去专业正规的医院进行检查和治疗。家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好；田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食。
典型的症状就是下腹痛和痛经，尤其是在月经期间疼痛得更厉害，典型的症状就是继发性的痛经进行性加重。不孕，会改变体内的微环境，导致不孕症的发生。性交的不适，往往是因为性交时碰撞或者子宫收缩上提引起疼痛，一般是深部的性交痛。
早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。