对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
卵巢囊肿是生理性的囊肿，一般都是生理性的，一般都是生理性的，不会对胎儿的发育造成任何的影响，一般不需要特别的处理，定期复查，如果囊肿的直径超过5cm，可以在妊娠的中期进行手术。平时要多喝热水，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性的食物，做好孕期的各项检查，保证充足的睡眠，并且保持良好的情绪。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
如果巨型的卵巢囊肿超过5公分，且随访观察2个月没有明显减小，这时候使用药物治疗没有明显的效果，患者一般是需要进行手术治疗的，手术分为单纯的囊肿剔除术和附件切除术，都可以在腹腔镜下进行，就是在下腹部打三个小眼创建人工气腹，在腹腔镜的辅助下进行手术。此类手术切口小，对患者的损伤小，患者术后恢复快，如果不进行手术，可能会严重影响患者的生活质量。
卵巢囊肿破裂以后处理方法如下：
对于小的囊肿或单纯浆液性囊腺瘤破裂症状，患者此时可以随诊观察，一般无需特殊治疗，也可以适当应用抗生素预防感染；而对于大囊肿或畸胎瘤破裂的症状，患者常有剧烈腹痛，伴有恶心、呕吐，血压下降等症状，建议患者及时住院，完善相关化验，通过给予补液、抗休克、积极准备手术治疗等方式进行治疗，手术中尽量吸净囊液，并涂片行细胞学检查，明确诊断。