是会萎缩的。巧克力囊肿，绝经后受体内激素影响，子宫萎缩，巧克力囊肿也会随之萎缩，定期复查就可以了。精神放松，保持心情舒畅，不要吃辛辣刺激性食物，不要吃垃圾食品，不要吃含激素的食物，可以用药物进行治疗，也可以配合中药，进行治疗。
闭经会可能会慢慢消失的，巧克力囊肿的形成主要是子宫内膜异位，来月经时异位的内膜也引起出血，出血多了就形成了囊肿。绝经后不再出血有可能被慢慢吸收，囊肿消失的。巧克力囊肿会引发痛经。巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上的一种病变，渐进性痛是此病的主要症状之一。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
卵巢囊肿不会引起闭经。巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长，巢囊肿分为两种类型，生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿。因为每个月经周期，女性卵巢内卵泡都有一个卵泡逐渐的长大，长大成熟以后，这个卵泡就要破裂，破裂以后里边的卵子才能够排出来。生理性的囊肿是卵泡长大后，卵泡无法破裂，卵子无法排出，所以卵子无法与精子结合，不能受孕。但是卵泡内的颗粒细胞是会发生转变的。
克力囊肿的症状是痛经和不孕，痛经会严重影响生活和工作，不孕更可怕能影响女性后半生的幸福，囊肿增大后容易发生破裂，造成盆腔粘连，一定要及时治疗手术治疗创伤大、易复发，不建议手术可以服用一些具有活血化瘀，通络散结，疏肝理气、止痛的作用，是针对巧克力囊肿病因的用药，起到治本的作用。由于该病的主要症状为痛经。
在巧克力卵巢囊肿的治疗方法中，其实西医的治疗方法比较快，但是中医的治疗方法对身体比较好，中医主要是采取中药进行调理，中医认为人是一个统一的整体，一切的疾病都是由于身体内部的阴阳失衡的结果，因此中医进行治疗主要就是调理身体的阴阳平衡，治疗疾病，缓解身体症状。患有巧克力卵巢囊肿需要坚持的服用一些药物，这样才能够帮助尽快的治疗好自身的疾病，防止疾病逐渐的严重。