巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位症引起的，如果卵巢内有巧克力囊肿，而且囊肿比较大，是可以考虑手术治疗的。做巧克力囊肿的切除手术再月经干净以后，选择比较正规的医院，做巧克力囊肿的切除手术，手术以后也需要定期复查。
月经干净后，或者月经期间都可以的，主要的检查项目包括内分泌检查、B超检查等内容。巧克力囊肿如果增长速度比较快，是需要考虑手术治疗的。当囊肿伴有出血、感染和恶性转化时，表现出异质性，CT值增加。
做巧克力囊肿手术后要等手术恢复以后，可以在一个月以后进行同房性生活，这样对身体不会造成影响，但是在性生活之前需要进行一个复查，来确定巧克力囊肿手术恢复正常后再进行同房。
由于术后的前3个月比较重要，所以一般都可以术后打2-3次针，一个月1次，打针过程中一般月经不会来潮的，停针后会恢复的，定期做好检查腹部B超，看看子宫附件。平常生活当中要多休息避免劳累和熬夜，要多加强锻炼身体。
卵巢巧克力囊肿检查时间，通常是在月经干净后马上进行B超检查，这时检查的结果最为准确。可以把两次的检查的结果对照一下，了解一下疾病的情况。及时改变治疗方案，可以尽早地治疗。
一般手术后半年之久再考虑备孕。备孕期间女方需要吃叶酸，夫妻双方做一个忧生方面的检查，来尽量避免怀孕后胎儿发育不良，畸形，流产等。另外，腹腔镜手术后一个月内不要吃辛辣、生冷刺激性的食物，不能有性生活，平时要多注意伤口的卫生。一定要定期做复查。