巧克力囊肿用激素治疗最有效。由于巧克力囊肿是激素依赖性的疾病，因此建议用手术和激素来治疗此病。激素治疗也被称为假孕疗法，治疗时主要是让病人出现假性闭经现象，然后按照怀孕期来用激素，使症状得到缓解，但激素治疗只能暂时缓解症状。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
力囊肿是子宫内膜异位。中医认为有经血瘀阻，气滞不畅，子宫寒凉，肝肾虚弱，脾虚，血虚，湿热湿浊等有关。建议到正规医院检查确诊后针对病因进行治疗。也可以找有经验的中医辨证用中药治疗，生化颗粒等。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
目前卵巢巧克力囊肿比较大，需要做手术处理。术后是否会复发，因人而已，需要复查着看。放松心情，避免心理压力过大，注意休息，避免剧烈运动，不要吃辛辣刺激性食物，遵从医嘱，积极配合医生治疗。
