如果卵巢巧克力囊肿较大，会导致子宫压力，影响子宫生长，导致孕妇流产或早产现象。容易难产：过度囊肿，压迫子宫和胎儿，导致胎儿畸形，影响正常分娩，分娩困难。囊肿本身不影响胎儿，但如囊肿引起并发症，或恶性肿瘤的发生，所以在对胎儿的治疗中有影响，甚至不得不放弃妊娠。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
巧克力囊肿可能会增加不孕的风险。
女性患卵巢子宫内膜异位囊肿时，卵巢会受到一定程度的损伤。此外，巧克力囊肿可反复破裂，囊内部分液体流出，易引起周围组织粘连，如输卵管、卵巢、盆腔腹膜、子宫后壁、肠系膜等。可能会造成一定的粘连，影响输卵管蠕动。所以巧克力囊肿的持续存在，或者巧克力囊肿反复破裂导致粘连等。会容易导致生育能力的下降，严重的话，确实可能导致不孕。
怀孕了有巧克力囊肿没有影响。
巧克力囊肿是因为经血排不出去造成的，如果怀孕了，就会长时间不来月经，这时候巧克力囊肿就会慢慢萎缩直至消失。不过，从万事万物的规律来看，事物总是会尽量向对自己有利的方向发展，既然怀孕会使巧克力囊肿消失，那么巧克力囊肿为了保护自己，也会减少患者的受孕几率，所以，巧克力囊肿对女性怀孕的影响是很大的。
患有巧克力囊肿是影响正常受孕的。
会产生有40%不孕的可能，不过很多患者也是可以正常怀孕的。导致不孕症的原因和囊肿的大小以及粘连的程度有关系，巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一种，多数为一侧卵巢，也有双侧卵巢同时发病。如巧克力囊肿发生破裂，囊内所含的陈旧性经血会向腹腔扩散，严重影响生育功能。囊肿破裂后会引起剧烈腹痛。