对于霉菌性阴道炎比较顽固，容易复发和交叉感染，所以为了达到治疗的目的，夫妻双方必须同时治疗，而且治疗期间不能有同一个房间，对于女性来说，主要采取阴道冲洗和药物治疗。
中医根治霉菌性阴道炎一般可采取阴道内用药、口服药物等方法。
在中医里，霉菌性阴道炎因湿热下注会增加阴道内的分泌物，从而造成细菌侵入，可以选用清热解毒、除湿、杀虫止痒等药物。可以阴道内用消糜栓、保妇康栓等药物。以及妇科千金片、妇炎康片、花红片等都是可以服用的。和西医的治疗方法差不多，都是在医生指导下按照疗程来服药，只不过这个周期比较慢，一般20多天。
霉菌性阴道炎是一种可以治愈的疾病。具体分析如下：
由于霉菌性阴道炎与阴道假丝念珠菌感染有一定的关系，因此可以选择克霉唑阴道栓进行治疗。局部用药无效，可以口服或静脉输液。在日常生活中要注意养成良好的生活作息，不要过于劳累，否则会导致机体免疫力下降，从而影响到霉菌性阴道炎的治疗。霉菌性阴道炎的严重程度和个人的体质不同，具体的治疗时间不能一概而论。
霉菌性阴道炎内要注意个人的私密部位的卫生，可以在医生的指导下服用消炎的药物，同时还要注意内裤的清洁，多饮用温水，帮助排除身体中的有害物质，有利于霉菌性阴道炎的修复。最近最好不要同房，以免引起疾病的恶化。如果出现了严重的霉菌性疾病，可以口服抗菌的药物，比如克霉唑阴道片等。在饮食上，尽量不要吃辛辣和刺激性的食品。
根治霉菌性阴道炎主要是药物治疗。
霉菌性阴道炎需要通过药物来进行治疗，如果是单纯的外阴阴道念珠菌，可以选择局部应用克霉唑阴道栓。复杂的外阴阴道念珠菌病，可以选择局部应用克霉唑阴道栓等，要注意延长用药的间隔。霉菌性阴道炎是一种疾病，需要在医生指导下服用抗菌的药物。
在治疗真菌性阴道炎的时候要尽量不要同房，要经常更换内库，保持外阴的干净。
霉菌性阴道炎容易复发，很难根治。
长期大量用栓剂、清洗类药物，容易使阴道菌群失调，破坏微生态环境，治疗效果会越来越差，可能是有了耐药性。外阴局部潮湿、伴侣不注意卫生，霉菌容易复发，患脚气也会导致霉菌迁延不愈。患者饮食要清淡，洗澡时避免过度搓洗皮肤，穿棉质内裤以，要宽松舒适，减少摩擦，保持规律的生活，进行锻炼，内衣裤放在太阳下暴晒消毒，不吃海鲜、辛辣、刺激的食物，不抽烟喝酒。