卵巢囊肿会引起不孕，不排卵，卵泡不成熟，早产，自然流产，胎儿畸形等多种情况发生。由于卵巢囊肿多是由于体内激素水平引起的，因此不能盲目自行用药，因此药物内是含有一定的激素，不少人在服用药物以后会出现加重病情或是刺激到囊肿的增长。
卵巢囊肿可能误诊，但几率相对较小。
在所有的妇科肿瘤里，最常见的就是卵巢癌。囊性囊肿分为囊性、囊实性和实性三种类型。特别是恶性的卵巢上皮癌，伴随着与之对应的肿瘤有关的抗体。但有些恶性肿瘤，不会出现明显的抗体增高或者是不正常的情况，所以在手术中，很容易出现错误的情况。大部分的错误诊断都是因为癌症的本质而导致的。而手术后的组织学检查，则是最好的判断依据。总的来说，在手术之前或治疗之前，误诊的可能性很低。
一般情况下，双侧卵巢囊肿是否能受孕，需要根据实际情况来判断。具体分析如下：
女性在双侧性卵巢囊肿时，需要根据子宫的内膜厚度来判断能否受孕。女性卵巢内壁厚度越厚，怀孕的可能性越高，而女性的卵巢囊肿的病变程度越高，导致的子宫内膜越薄，怀孕的可能性就越低。所以患有双侧卵巢囊肿，一定要去正规的医院做检查，确定自己的病情，然后再做手术进行治疗。
如果是遗传导致的，或者存在手术不完全的情况，卵巢囊肿容易复发；但其它情况一般容易复发。
卵巢囊肿是否会复发主要与遗传因素有关，某些患者的体质本身就比较容易形成囊肿，因而术后卵巢囊肿复发的概率也较普通人更大。同时如果手术过程中选择的是卵巢囊肿剔除术，囊壁剔除的不完全，有残留的话，则很有可能出现术后囊肿复发。
此外，如果不存在上述情况，卵巢囊肿一般不容易复发，注意复查即可。
治疗难易取决于病人年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及病人的主观愿望等因素而定。卵巢囊肿及时治疗，虽然小，但是也是要引起重视的。