多囊卵巢综合症可以进行手术治疗。手术治疗有两种方法，对于黄体生成素和睾酮水平高的病人可以进行腹腔镜下卵巢打孔术，优点是疗效确切、损伤小、价格适中等；腹腔镜下卵巢打孔术可能出现的问题有治疗无效、盆腔粘连及卵巢功能低下。以前常用卵巢楔形切除术，可以降低雄激素水平、减轻多毛症状。
多囊卵巢手术切除卵巢，轻度可以保守治疗：物理治疗结合药物调节内分泌，活血化瘀、益肾填精、疏肝理气、化痰通经等途径进行治疗，以调节紊乱的月经，恢复正常的卵巢功能等。
多囊卵巢综合症是内分泌疾病，手术不能治好的，可以采用中医中药治疗，多囊卵巢综合症与肾气不足，气血亏虚，冲任失调，脾虚失运等因素有关，使卵巢功能失去了肾气及气血的滋养。
做一些不剧烈的运动。目前多囊卵巢综合征（PCOS）在各个国家的发病率均呈上升趋势，并且对生育功能造成了影响。治疗不能单单依靠药物，PCOS治疗方法为健康生活方式的养成。运动疗法可以使病人失衡的激素重新获得平衡，并且提高生育功能。运动时间及运动方式的选择。
多囊是个以卵巢多囊性改变内分泌失调为主要表现的多系统综合征，多囊卵巢的病因是由于丘脑下部-垂体-卵巢轴功能失调，破坏了相互之间的依赖与调节，通常用药物治疗调理卵巢功能，建立人工周期，然后用药促排可以试孕。
多囊卵巢综合征的病人，如果用药物控制的不好，经过半年左右的治疗，没有达到预期的效果，是可以手术治疗的，主要是楔形切除卵巢，会使原来的多囊改变，并且出现排卵，月经周期也会恢复正常。所以，多囊卵巢综合症的病人，药物治疗无效的情况下，可以考虑手术治疗，会取得比较好的临床效果。