巧克力囊肿术后复发率大概在40%左右。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全去除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿在三年内复发的几率约为14%，而在三到五年内复发的几率已上升至40%。卵巢囊肿的治疗取决于年龄、症状是否恶性、囊肿的位置、大小、生长速度、子宫附件的变形、生育功能是否得到保留以及病人的主观愿望。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿微创手术其复发的几率可以达到60%以上，由于巧克力囊肿是内膜异位引起，所以在腹腔镜手术以后，巧克力囊肿都很容易复发。为了预防复发，在手术以后，需要肌注曲普瑞林针来造成假绝经，以使残留内膜完全坏死。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。患者最近肚脐靠下不舒服不一定是囊肿复发，是去医院做腹部彩超检查确诊再对症治疗。
巧克力囊肿一般术后不会复发的，配合生活方面注意就可以了。平时一定要注意休息，饮食要清淡，多喝水，多吃青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，定期做好复查，有情况要及时去医院处理。