囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
附件巧克力囊肿需要做手术治疗。如果囊肿不是很大，症状也不明显，没有明显的痛经，暂时可以保守治疗，可以口服避孕药或者宫腔内放置环。如果有生育要求，是手术治疗后进行用药，然后积极的备孕。如果仍然不能怀孕，就需要做试管婴儿。
一般附件巧克力囊肿，治疗方法，有两种，一是保守治疗，二是手术治疗，医生会给病者制定适合病者的那种治疗方法，目前来说，对于一些病者采取手术治疗是好的治疗方法，尤其是，哪种比较大的，完全可以用，微创手术来达到治好的效果。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。