巧克力囊肿术后复发可以根据复发囊肿的大小来决定下一步治疗。囊肿小于4厘米，可以保守治疗，最有效的治疗方法是皮下注射药物。如果复发的巧克力囊肿大于4厘米，需要手术治疗。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。