卵巢囊肿跟遗传、环境、生活方式和内分泌等因素有关。食用了使用各种生长激素的蔬菜水果，也许会导致卵巢囊肿。饮食结构不合理，长期高盐高脂饮食，生活压力过大，精神经常处于高压状态等也是卵巢囊肿的诱因。
卵巢囊肿是一种良性妇科肿瘤，分为生理型和病理型。
囊肿的常见原因是内分泌失调或长期炎症刺激。如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或炎症刺激引起的。如果是恶性卵巢囊肿，可能是病毒感染引起的。
大多数生理性卵巢囊肿是由内分泌失调或卵泡未破裂引起的黄体囊肿等疾病引起的。病理性卵巢囊肿可分为普通卵巢囊肿和巧克力囊肿。
卵巢肿瘤是由原体腔上皮细胞发育而成的，它具有向不同类型的苗勒上皮细胞分化的潜力。在输卵管上皮细胞中分化为浆液性肿瘤，在宫颈粘膜上分化为粘液性肿瘤，并在子宫内分化为内膜样肿瘤。卵巢上皮肿瘤有良性、交界、恶性三种类型。交界性肿瘤是一种低水平的恶性潜伏性肿瘤，其上皮细胞增殖、细胞分层增多、核异型和核分裂象增多，且多为间质浸润。
卵巢囊肿是女性生殖器的常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，有一侧性的、双侧性的、囊性的或者实性的，还有良性或者恶性的，以囊性多见，也有一定的恶性比例。卵巢囊肿的形成原因，有20%-25%的卵巢囊肿患者是有家族史的。
生理性的卵巢囊肿多是因为内分泌失调引起的黄体囊肿或是卵泡不破裂等疾病引起的。病理性的卵巢囊肿可以分为普通的卵巢囊肿以及巧克力囊肿，囊肿原因有内分泌失调或者是长期炎症刺激，如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或者是炎症刺激引起的。
