巧克力囊肿变小的方法非常多，可通过药物治疗、物理治疗以及手术治疗等形式来进行治疗，巧克力囊肿并不是一种疑难杂症，但是一定要采用合理的方法治疗，这种疾病会对女性的生育能力产生一定的影响，所以采用合适的方法治疗，才能够避免对女性的生殖健康产生影响。
巧克力囊肿自己变小了，就说明有恢复趋势，巧克力囊肿属于子宫内膜异位的一种病变，这种疾病虽然是良性病变，但病灶会随时间变大从而渐渐侵蚀正常组织，造成卵巢组织不可逆的损害，定期去检查就可以了。
经期时囊肿内出血较多，囊腔内压力增高，囊壁可出现小的裂缝并有极少量血液渗漏，但裂缝很快被漏出物引起的腹膜局部炎症反应和组织纤维化所闭合，并导致卵巢与临近的子宫和肠壁粘连，往往也累及输卵管。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
卵巢巧克力囊肿微创后小腹还是这么大是巧克力囊肿手术后身体还没有恢复，会出现肚子大的症状，一月左右就会变小的。切除后可以上宫内的节育器，也可以口服短效的避孕药来进行调理，如果有什么不舒服的症状，需要及时进行治疗。