怀孕的机率大小与患者手术的成功率有很大的关系。如由于巧囊造成不孕的病人，手术后就可自然受孕。现在定期到医院做妇科就可以了，如果生育能力都正常就可受孕。在排卵期同房可以提高受孕。
卵巢囊肿巧克力囊肿，主要的发病因素是因为子宫内膜异位症，卵巢囊肿巧克力手术以后是不会影响到怀孕的大部分子宫内膜异位症需要手术以后使用药物控制治疗一段时间。经过控制以后就能够等待自然受孕了。
患有巧克力囊肿，还是会怀孕的。如果囊肿是单纯的，那么另外一侧肯定就是正常的排卵。如果囊肿是上册的，但是如果并不大，也不会影响到明显的排卵。所以说要根据自己的情况来判断怀孕的概率。是否能怀孕，不光是与囊肿有关，还跟卵子的质量，精子的质量，排卵阶段同房等都有很大的关系。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，会抑制排卵，影响怀孕，至于巧克力囊肿影响怀孕的几率大小多少，没有办法用数字概括。但是一旦发生巧克力囊肿，在病情不是特别严重的情况下，应积极的备孕，备孕期间可以通过促排药物来促进排卵，提高怀孕的成功几率。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
