巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢内周期性出血形成的，一般没有良恶性之分。但是巧克力囊肿是会有发生破解以及恶变的可能，所以及早发现，尽早治疗。必要时，需通过手术切除治疗。
穿刺是一个医学手术用语，是将穿刺针刺入体腔抽取分泌物做化验，向体腔注入气体或造影剂做造影检查，或向体腔内注入药物的一种诊疗技术。穿刺的目的是抽血化验，输血、输液及置入导管做血管造影。剔除术一般都是针对子宫肌瘤的，就是单纯的切除肌瘤的，对子宫的伤害是比较小的。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
这两个是属于不同的疾病，子宫内膜异位症是由于子宫内膜移位于正常的宫腔向宫腔以外的组织生长，巧克力囊肿一般是由于体内的激素水平升高，形成的淤血块，发现之后立即通过手术进行切除之后再做个病理，子宫内膜异位症会导致进行性痛经，也可以通过手术进行治疗，或者是使用一些激素类的药物进行治疗。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
