药物流产在第三天的时候，吃的药物主要是促进子宫收缩，宫口开大。所以，出现肚子疼是正常的现象，可以促进宫腔内的胚胎组织排出体外，就会出现下腹部疼痛和出现阴道流血。一般过3-6个小时妊娠囊就会流出体外，也有的人排除得比较慢，但是在3天以内也会排出来的。如果超过3天没有见到孕囊排出来或者是出血量比较多，超过月经量，要及时的到医院去做b超，并且及时的进行清宫，避免出现大流血，影响身体。
药流孕囊排出后肚子疼可能是正常现象，当患者使用药物流产后，此时孕囊排出就会出现生理性的腹痛。主要是子宫黏膜脱落，子宫内膜受损，阴道出血。建议患者出现这种情况可以通过喝水热，注意保暖，配合服用新生化胶囊、益母草颗粒，调节体内激素水平。如果上述方法无效，患者疼痛时间较长，建议立即去医院进行B超检查。如果B超检查没有出现宫腔残留物或者继发细菌感染，不需要担心和采取其他干预措施。
药流后，因为子宫和卵巢都需要一个恢复的过程，通常1-2周内会有少量不规则出血和腹痛的情况，这都是属于正常的现象。如果是痛得比较严重，那么就考虑是流产不全，需要去做一下检查。
一般情况下，药物流产第三天肚子疼是正常的，通常是药物使子宫收缩引起的反应。
药物流产主要是在医生指导下服用米索前列醇、米非司酮等药物进行的。一般药物流产第三天会出现肚子疼的症状，而且是规律性的疼痛，这个是正常的反应，是药物作用下引起子宫收缩，这样才能帮助排出体内的胚囊组织，进而达到药物流产的目的，否则有可能会出现流产失败的情况，所以目前建议尽量不要过于担心，适当放松心情，继续观察流产的情况。
药流成功后第三天肚子疼可能是血没有流干净。因为药物流产之后流血不会超过七天，如果流血的时间超过十天，可以做个b超，看看有没有残留的情况。如果不打算要孩子，以后要注意，怀孕流产，对身体的伤害是比较大的。
月经第三天肚子疼可能与受凉、情绪波动较大等因素有关，是痛经的表现，具体内容如下：
痛经是指在经期或者经期前后出现下腹部的疼痛的现象，严重时会痛及腰骶部，并出现汗出、食欲不振等症状。如果月经第三天肚子疼，可能与受凉、情绪波动较大等因素有关，因为这些因素会导致痛经。痛经严重时会影响生活质量，影响工作。一般可以按照医嘱使用镇静、镇痛或解痉药来治疗。
需要注意，女性来月经时要注意休息，做好腹部保暖工作，避免接触冷水，少吃辛辣刺激性食物，注意会阴部清洁卫生。