巧克力卵巢囊肿手术后复发了可以通过手术进行治疗。巧克力卵巢囊肿手术后复发应注意保暖，忌寒、凉、生、冷刺激，防止寒邪侵袭，避免食用刺激性的食物和寒凉的食物，还要注意绝对禁止性生活。
可以引起严重的痛经，月经量增多，并且可以影响正常受孕。巧克力囊肿直径大于3cm，应做剔除手术，恢复正常排卵。直径小于3cm，症状轻微者，尽早怀孕，怀孕之后，体内孕激素水平升高，可以抑制卵巢囊肿巧克力囊肿生长。
可以先试试药物治疗，但就是需要长期服用，只能起到控制或缓解症状效果，但对于瘤体消除是不太可能的。所以还是考虑做手术切除子宫缓解疼痛。没有什么好的办法，还可以口服药物，也可以通过手术治疗。
卵巢囊肿是生理性的囊肿，一般都是生理性的，一般都是生理性的，不会对胎儿的发育造成任何的影响，一般不需要特别的处理，定期复查，如果囊肿的直径超过5cm，可以在妊娠的中期进行手术。平时要多喝热水，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性的食物，做好孕期的各项检查，保证充足的睡眠，并且保持良好的情绪。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。