如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
卵巢囊肿抽液手术2千-3千元左右，卵巢囊肿抽液手术目前使用的不多。这是需要一定的技术条件。是需要在彩超监护下操作更准确的。是在彩超室进行，可以是通过小腹部穿刺，也可以是通过后穹隆穿刺的。
卵巢囊肿治疗费用，大约是在100元-3000元左右。如果卵巢囊肿小于5公分，此时要选择药物进行保守治疗，费用大约是在100元-500元之间。如果卵巢囊肿大于5公分，就要通过手术进行治疗，费用大约是在3000元左右。所以卵巢囊肿患者要尽快得到医院找专业的医生，结合具体的病情，选择合适的治疗方法。在接受治疗期间，患者要积极的配合医生，要严格的遵医嘱，而且患者也要养成健康的作息规律，不要熬夜，同时要保持一个平稳的心情，情绪不要起伏过大，这样有利于病情恢复。
小的卵巢囊肿也可以自愈的，只有大的囊肿才需要手术，穿刺就是在B超引导下，用粗针头抽出黏液，不用剖腹开刀了，对身体创伤小，容易接受，这也是近年来出现的一种介入疗法，以前做卵巢囊肿手术，只有剖腹才可以，对身体创伤比较大。
卵巢囊肿微创手术，费用大约10000-15000元左右。三甲医院的收费略高于二甲医院、发达地区的收费略高于落后地区。另外，患者术中的情况，比如囊肿的大小、囊肿的性质良恶、术中有无粘连等，都影响收费的多少。如果患者卵巢囊肿比较大、手术时间较长、术中需要的麻醉要增加、术中的监护时间增加，都影响收费的多少。如果手术比较顺利，大约费用是10000-15000元左右，不包括术后护理费，费用在500元左右。
卵巢囊肿切除手术在5000元-10000元左右，主要根据选择的手术方式来决定。卵巢囊肿切除手术有开腹和腹腔镜手术两种，如果采用的是开腹手术，手术费在5000元左右，再加上术前检查和术后治疗，总的费用在7000元左右；如果是腹腔镜手术，因为是微创手术，采用的设备不同，对医生的要求也更高，费用相对会高一点，一般需要一万元左右，一般囊肿切除后，还需要进行一个病理检查，来确定囊肿的类型，是否存在恶性病变的可能，费用一般在300元左右。