巧克力囊肿较大，的确是需要考虑手术处理一下的，这样是较为彻底的，同时也是需要检查清楚，是什么因素造成的，巧克力囊肿手术是小手术，也没有多大的风险，不需要太担心的，一定要放松心情，保证营养需要，术后好好的调养好身体。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
另外从发病机理到临床表现都可以观察到本病症属于比较复杂的症状，对于女性朋友常说的巧克力囊肿7cm大小一定要引起适当重视，饮食尽量不要吃辣椒海鲜等刺激性食物，以此告诫广大女性要对饮食方面对注意。
女性的卵巢巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜移位症。生育期的女性如果患有卵巢巧克力囊肿，直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。此外它可以影响盆腔的内环境，影响正常的受孕，囊肿直径大于3个cm，这种影响会加大。手术之后可以帮助女性恢复正常生育功能。如果女性已经没有生育要求，或者年龄比较大，痛经症状轻，可以适当放宽到5cm。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。