卵巢囊肿分为生理性和病理性两种，生理性的卵巢囊肿是在女性排卵期滤泡聚集而形成的，往往几个月后会自动消失。病理性的卵巢囊肿在早期也没有明显的症状，有症状者多表现为腹部疼痛、月经不调、白带异常、腹部肿块等，容易被忽视或误诊。
是根据超声检查来分辨是生理性的卵巢囊肿还是病理性卵巢囊肿。生理性的卵巢囊肿在例假结束后会自然破裂消失，因此在例假结束后3~7天到医院复查一个子宫附件B超或彩超检查，如果囊肿消失则为生理性囊肿，如果囊肿仍然存在那么为病理性囊肿。
卵巢囊肿就是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为肿瘤性和非肿瘤性两类，而通常生理性卵巢囊肿是指非肿瘤性的那一类。生理性卵巢囊肿是最常见的卵巢囊肿，一般发生在排卵期的育龄妇女，生理性卵巢囊肿一般会自动消失。
卵巢囊肿分病理性的和生理性的，生理性的可随生理周期的变化可以自然消失。由于疾病生成的病理性的囊肿，需要手术来明确诊断并作相应的处理。如B超提示囊肿为无回声的囊肿，没有分隔，那么可以先观察3个月，3个月后重复检查，如囊肿仍然存在，应考虑手术处理。
一般情况下，生理性卵巢囊肿可以采用以下方式来去除：
患有生理性卵巢囊肿，没有出现明显的不适症状，可以暂时不治疗，进行临床观察。生理性囊肿一般会自己消失。患有生理性卵巢囊肿，如果囊肿很大，有腹胀、腹部疼痛等症状，可以进行穿刺。生理性卵巢囊肿如果在短期内增加的幅度很大，可以进行手术来切除。患者可以根据自身的实际情况，选择适合自己的治疗方式。
病理性卵巢囊肿不会自己变小。卵巢囊肿可分为生理性和病理性。如果是生理性的卵巢囊肿，有可能会三到六个月自己会消失。病理性的由于疾病而形成的囊肿往往需要手术来明确诊断并做相应的处理。