卵巢巧克力囊肿主要是手术治疗，术后因为卵巢囊肿具有复发性，所以如果计划怀孕，尽快准备怀孕。否则一旦巧克力囊肿复发，会导致不孕不育的可能。没有计划怀孕者在术后可以用药物治疗，连续用药3个月到半年的时间，避免巧克力囊肿复发。另外，也可以上宫内节育器，主要是可以导致子宫内膜萎缩。这样在临床上导致闭经的情况，也会抑制巧克力囊肿的复发。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的。是异位的子宫内膜在局部随着月经周期的变化出血形成的包块。子宫内膜异位症可以引起月经的不调症状，最常用的就是开腹手术治疗，这是目前比较常用的治疗方法。
卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜疾病的一种，现在临床针对此种疾病，多采取根治治疗，即直接手术治疗。根据病患目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种情况，保守治疗，有中药、西药，中药一般就是活血化瘀，并没有什么秘方，西药一般是假绝经或者假怀孕疗法，但不管是哪一类的药物治疗，一般是难以除根的。注意休息，忌辛辣食物，可以口服药物缓解症状，控制发展。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。