巧克力囊肿是子宫内膜移位的一种，所以说会影响到排卵。排卵障碍，又称为不排卵，是女性不孕症的主要原因之一，约占25-30%。排卵障碍除引起不孕外，还可导致月经失调、闭经、多毛、肥胖等症状。
有巧克力囊肿一侧卵巢是不会影响到排卵的。出现的囊肿比较小，过一段时间复查一下确诊就可以了。要多注意休息，过一段时间可以复查一下b超，现在可以采用中药进行调理即可。因为有巧克力囊肿是不能怀孕的，就要多注意休息，过一段时间复查确诊。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
如果说有卵巢囊肿，是不会影响到工作的，饮食上面要注意尽量不要吃辛辣刺激性的食物，有巧克力囊肿其实是可以通过规律的服用药物来治疗的。卵巢巧克力囊肿饮食宜多吃具有抗肿瘤作用的食物。