巧克力囊肿一定要做手术，一需要通过一个小手术来进行治疗，自行愈合的可能性不大，药物治疗的可能性也不大。去正规二级以上医院妇科门诊就诊，做小手术切开，必要时引流，通过定期换药就能保证愈合。平时保持外阴清洁，注意性生活卫生。
巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
得巧克力囊肿不一定是要手术的。小于4厘米是不需要做手术的，如果大于4厘米是需要做的。如果卵巢囊肿持续存在，还影响肿瘤标志物的化验，写出判断重复的性质，之后决定下步治疗。宫内膜在卵巢内随月经周期反复脱略出血所致。
需要尽快手术治疗。巧克力囊肿直径在5-6公分左右，就会发生破裂现象，后果不堪设想。因囊液内的子宫内膜碎片会流到盆腔或者腹腔内任何位置，可能会种植在盆腔或者腹腔内的脏器上，会引起新的子宫内膜异位症病灶。
巧克力囊肿破裂是要尽快去医院进行手术治疗的，因为如果不进行手术，巧克力的囊肿破裂的病毒可能会延伸到其他的器官，造成心力衰竭，或者是肾衰竭的症状，会有生命危险的，所以要进行手术治疗的。
巧克力囊肿破裂要进行手术。巧克力囊肿破裂会引起剧烈的下腹部疼痛。应去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位导致，如果不及时清理干净，就会导致内膜在腹腔各处异位生长。
