进行卵巢囊肿手术要在月经干净之后的第三天进行手术，如果说时间上不允许，可以延迟几天，在做完手术之后，很可能会出现了病情反复发作的情况，因此术后饮食应该要保持清淡一些，不可以吃辛辣刺激的食物，也不可以吃海鲜，同时还应该注意做好个人卫生护理工作。
卵巢囊肿手术可以选择任何的时间做。卵巢囊肿治疗方法主要采用药物以及手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术。
孕期卵巢囊肿大部分都是良性，浆液性，粘液性的囊肿，手术只是把囊肿拿掉，卵巢是不动的，所以不会影响怀孕。术后尽早下床活动，尽早排气，尽早进食。一个月内禁止同房，平时要多注意休息，注意饮食清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，以免影响身体的恢复。在月事干净三到七天之间进行手术切除这个囊肿就可以了。
卵巢囊肿在月经干净后1周内积极进行b超检查还是比较准确的，如果是生理性囊肿也可能在经期后自己消失的，所以应该定期到医院选择复查看看，看一下囊肿的大小等，或者看看是否有腹痛等不适的情况，但是在饮食方面还是需要多注意加强营养的。
治疗卵巢囊肿的时间，这个不固定的，如果两种的尺寸超过4公分，就需要积极的进行对症治疗的，卵巢囊肿多数考虑可能跟炎症或者体内的激素水平发生变化有关系，去当地正规的公立医院咨询清楚后进行检查治疗，病人要遵医嘱，不可自行进行药物治疗，并要定期进行复查，根据病情及时调整治疗方案。
卵巢囊肿的阴超是月经干净第3天，非月经期就可以，这时候检查的子宫内膜的厚度有很高的参考价值的。是否是巧克力囊肿，这需要结合子宫内膜厚度分析的，同时还需要看囊肿的内部细节。