如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
卵巢囊肿切除手术在5000元-10000元左右，主要根据选择的手术方式来决定。卵巢囊肿切除手术有开腹和腹腔镜手术两种，如果采用的是开腹手术，手术费在5000元左右，再加上术前检查和术后治疗，总的费用在7000元左右；如果是腹腔镜手术，因为是微创手术，采用的设备不同，对医生的要求也更高，费用相对会高一点，一般需要一万元左右，一般囊肿切除后，还需要进行一个病理检查，来确定囊肿的类型，是否存在恶性病变的可能，费用一般在300元左右。
腹腔镜下卵巢囊肿手术是一种微创手术，具有手术时间短、术后恢复快的特点。卵巢囊肿腹腔镜手术，费用大约需要一万多左右。由于医院的级别不同，手术收费的标准也不相同，相对来说，三级甲等医院的收费标准比二级甲等医院的收费标准高一些。此外，卵巢囊肿腹腔镜手术术后如果没有合并症的存在，就需要一万多左右，但如果出现其他的合并症或者是并发症，比如术中容易粘连，导致输卵管或者是膀胱的损伤或者其他脏器损伤，手术的费用会相应的增加大概2万左右。建议患者在手术前及时的了解情况，与医生做好沟通。
卵巢囊肿微创手术，费用大约10000-15000元左右。三甲医院的收费略高于二甲医院、发达地区的收费略高于落后地区。另外，患者术中的情况，比如囊肿的大小、囊肿的性质良恶、术中有无粘连等，都影响收费的多少。如果患者卵巢囊肿比较大、手术时间较长、术中需要的麻醉要增加、术中的监护时间增加，都影响收费的多少。如果手术比较顺利，大约费用是10000-15000元左右，不包括术后护理费，费用在500元左右。
卵巢囊肿手术费用可能在6000-8000元左右。女性的卵巢囊肿通常是由于体内雌孕激素的刺激，以及环境因素的影响导致引起，通常卵巢囊肿小于五公分以下，可以不用进行特殊的处理治疗。当卵巢囊肿大于五公分以上，就可以考虑做腹腔镜手术或者是开腹手术来切除囊肿，由于医院等级药物以及耗材等差别，费用会有所差异。