子宫内膜异位症引起的原因比较多，由于经血的逆流，宫腔和输卵管是相通的，由于在来月经的时候子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜。遗传的因素，如果家族史里面会存在有子宫内膜移位的疾病，那么发病几率比无家族史的人高出七倍。免疫和炎症的因素，由于自身的免疫细胞产生一些变化，各个环节就会产生一些变化，而造成有子宫内膜移位症的发生。
直肠子宫内膜异位症可能是经输卵管转移、经期同房、经期剧烈运动等原因引起的。
1、经输卵管转移：在月经期间脱落的子宫内膜碎屑可随经血倒流入输卵管，然后由伞端溢出，移植于盆腔腹膜、卵巢等组织的表面，继续生长，最后发展成为子宫内膜异位症。
2、经期同房：经期同房可促进经血逆流，诱发直肠子宫内膜异位症。
3、经期剧烈运动：月经期间运动比较剧烈，也可导致经血逆流，诱发直肠子宫内膜异位。
子宫内膜异位症是在多次的人工流产或是有刮宫，或者是分娩，剖宫产的时候引起的，还有就是在月经期，剧烈的运动，或者是阴道流血，月经期的时候同房，使子宫内膜异位到子宫腔以外的部位下会引起。
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织在子宫腔被覆内膜以外的其他部位出现、生长、浸润并反复出血导致的疾病，是常见的妇科良性疾病，但却具有类似恶性肿瘤远处转移和种植生长的能力。
子宫内膜异位症的病因至今仍然没有明确，比较经典的说法异位内膜种植学说，它的意思是子宫内膜随月经血流或者因为手术到达身体的其它部位继续生长。临床上发现子宫内膜异位症的病人往往有家族聚集性，提示和遗传有一定的相关性。现在越来越多的证据提示，病人的自身免疫功能缺陷是引起子宫内膜异位症很重要的原因。
子宫内膜异位症发生的主要原因就是经血逆流，女性在月经期间，正常状况下应该是经血从宫口、阴道排出人体外是顺流而下，但是有些女性经血或因其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流进入腹腔，种植在盆腔脏器的表层形成子宫内膜异位病症。