卵巢囊肿可以是生理性的，即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的，或病理性的，由于疾病而形成的囊肿，理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
如果是生理性的卵巢囊肿，有可能会三到六个月自己会消失。如果是没有消失，也可以口服药物看看，但是消失的可能性不是很大。阴道炎，可以用点药物治疗看看。如果是症状比较轻，也可以用清水洗洗。
病理性卵巢囊肿不会自己变小。卵巢囊肿可分为生理性和病理性。如果是生理性的卵巢囊肿，有可能会三到六个月自己会消失。病理性的由于疾病而形成的囊肿往往需要手术来明确诊断并做相应的处理。
卵巢囊肿不影响怀孕，但若为巧克力囊肿是子宫内膜异位症所致，可致不孕，但囊肿存在若不治疗怀孕后囊肿继续长大有引起流产或发生破裂，蒂扭转等急腹征危险，所以若为病理性囊肿应治疗后再怀孕。因生育期女性偶尔可出现生理性卵巢囊肿，若是生理性囊肿可自行消失，无需治疗。
生理性卵巢囊肿可能会疼，也可能不会疼。生理性的卵巢囊肿位于卵巢表面，在剧烈活动之后，剧烈房事后或者做过某些医疗操作之后，可能会发生囊肿的破裂或囊肿蒂扭转，这时候会出现剧烈的下腹疼痛，这属于一种急腹症，患者需要及时到急诊进行治疗。生理性囊肿在不发生破裂和蒂扭转的时候，患者一般没有明显的自觉症状，是不会出现疼痛的。
卵巢囊肿分为生理性和病理性两种，生理性的卵巢囊肿是在女性排卵期滤泡聚集而形成的，往往几个月后会自动消失。病理性的卵巢囊肿在早期也没有明显的症状，有症状者多表现为腹部疼痛、月经不调、白带异常、腹部肿块等，容易被忽视或误诊。