如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。卵巢巧克力囊肿可以通过腹腔镜检查、腹部平片、造影等方法进行诊断，当发生破裂时，可能造成比较严重的后果，所以应立即进行手术治疗。
巧克力囊肿最大有多大是无法确定的。但是是很严重的疾病，要及早的接受治疗，以免引起其并发症。巧克力囊肿术后易复发，术后应立即服用中药或西药巩固疗效。巧克力囊肿是由卵巢子宫内膜异位症引起的，子宫肌瘤可能与内分泌有关。
超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种，是妇科常见的良性肿瘤。需去正规医院的妇科做彩超检查明确诊断。可以做卵巢囊肿微创手术。卵巢巧克力囊肿可以用腹腔镜手术治疗，平时要多注意休息，注意个人卫生。
大约有3%的巧克力囊肿会发生破裂。这有可能是因为外伤性或者是自发性而导致。这一现象的发生通常会因为巧克力囊肿的直径达到五厘米以上，才有可能导致破裂，而直径小于三厘米以下的巧克力囊肿，一般对女性朋友的身体是不会造成太大的伤害。