卵巢囊肿在临床上不可以穿刺手术治疗。因为一旦穿刺，如果卵巢囊肿是巧克力囊肿，很可能会使病情加重。如果是其他性质的囊肿，在没有明确诊断之前做穿刺，一旦具有恶性成分，也会使肿瘤进一步扩散。
卵巢囊肿穿刺手术过程就是经阴道穿刺，然后吸出囊液，通常不需要住院，腹腔镜下手术是先放出囊液，然后再利用腹腔镜进行穿刺。卵巢囊肿穿刺手术主要包括经阴道超声下手术和腹腔镜下手术。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
还是比较严重的，巧克力囊肿为子宫内膜异位症的一种表现形式，药物治疗效果较差，可考虑腹腔镜切除，因为是子宫内膜异位症的一种，就是在来月经的时候会有进行性加重的腹痛。
部分巧克力卵巢囊肿是无症状的，只有在囊肿较大时会有下腹不适或者可自腹部摸到腹部包块，伴随扭转或者破裂时会有疼痛。大部分的巧克力卵巢囊肿都是去医院进行超声检查时发现。孕早期囊肿较大，注意休息，避免经常弯腰活动，以防囊肿扭转坏死，如囊肿增大经常伴有腹痛，需手术切除。去专科医院就诊。