卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。
巧克力囊肿复发可采取药物治疗或手术治疗。如囊肿不大症状轻微可予药物保守治疗，若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿复发方法是在超声引导下的细针穿刺中药硬化剂的方法，可避免囊液外流的问题，确保了不会复发。不手术，对卵巢功能不受任何影响，这种方法治疗后，不影响以后怀孕，是目前治疗巧囊的方法。
巧克力囊肿的治疗可以通过药物或手术来治疗。到目前为止，还没有理想的治疗术。无论是药物治疗还是保守治疗，都有很高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变情况和生育要求进行选择，并强调个体化治疗。
囊肿属于良性病变对身体没有很大的影响可以不做治疗或用中药调理一般也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除，喝蜂蜜不会影响卵巢囊肿的。卵巢囊肿和雄激素分泌过多有关。保持心情舒畅，减少精神压力，养成有规律的生活作息时间。增加免疫力。