卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
治疗卵巢囊肿先去正规医院做一个全面检查，找出确切原因，然后再对症下药，这样才能针对不孕不育的病因进行很好的治疗。取决于病人年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及病人的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
对卵巢囊肿的中医治疗是从整体观入手，硫肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒，全面调节内分泌使气面血活，活跃脏腑，经络为本，气血为用，气血是肌体的物质基础。卵巢囊肿中医辨证属血瘀肿块。可以用活血化瘀的中药进行调理，或者使用消瘀散结的中药等治疗。日常生活中要注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激油腻的食物。
卵巢囊肿大多为良性肿瘤，在治疗上要从病人的年龄、生育要求和对侧卵巢的现象，来决定手术的范围。对于年轻、单侧肿瘤要行患侧卵巢肿瘤剔除或者卵巢切除术，双侧肿瘤要行肿瘤剔除术。绝经后的妇女可以行子宫和双侧附件切除术。术中要检查肿瘤，必要的时候可以做冰冻切片组织学检查。对于巨大的卵巢囊性肿瘤可以穿刺放液，待体积缩小以后再取出，但是穿刺前必须保护穿刺的周围组织，以防被囊液污染。