术后要注意定期复查，防止巧克力囊肿再次复发。术后用药防止复发，观察盆腔恢复情况。用药正常状态下是三个月不来月经，如果要是来月经，说明用药以后有副作用，然后根据情况对症治疗。术后一个月不能同房，注意消炎，防止粘连，防止感染。
巧克力囊肿术饮食应该一清淡为主，多吃营养丰富的食物，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。要多吃菠菜、牛奶、白菜、瘦肉、黑米、鲫鱼、鸭梨、山药、鸡蛋、大枣、油菜、苹果、花生、香菇等。
术后应注意保暖，平时可以去做一些适度的运动，保持心情愉快，注意休息，饮食上多吃一些有利于消化的食物避免刺激性的食品，还可以选择性的使用一些激素类的药物服用。
应该注意定期作B超复查，防止复发。因为巧克力囊肿手术复发率很高，这种囊肿与周围组织粘连严重，在手术过程中囊液一旦外流，就可以到其他部位种植，引起复发。多吃些蛋白质多的食物，增加体力。
巧克力囊肿常规检查注意事项是要先监测有没有排卵。做个输卵管造影，看看输卵管是否通畅，子宫形态有没有异常。还要排除免疫性不孕。男方要查个精液常规和抗精子抗体。只有找到不孕的原因，才能有针对性的用药治疗。巧克力囊肿需要复查彩超，查CA125和抗子宫内膜抗体。
吃完饭可以去做一些适度的运动，如散步，可以帮助消化。还有就是要保持心情愉快，平时注意饮食，可以选一些激素类的药物服用。只有清楚了这些注意事项，才能保证卵巢囊肿手术后的治好。这个形式的妇科手术后完全恢复一般需要2到3个月的时间，中间月经周期，量，颜色都有可能和之前不一样。