巧克力囊肿术后要打针，因为巧克力囊肿手术过程中一个很重要的步骤就是保护卵巢的功能，所以巧克力囊肿手术一般不会做的太好。所以术后巧克力囊肿复发的可能性比较大，为了巩固手术之后的效果，避免巧克力囊肿过早的复发影响受孕，通常都是需要打针的。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
对于有巧克力囊肿的女性，往往需要考虑行腹腔镜手术将囊肿剥离。而在巧克力囊肿手术后，为了预防巧囊再次复发，所以就需要打针。从而使体内异位的内膜完全萎缩坏死。通常需要打针半年左右。
巧克力囊肿术后一定要打针，巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发。注意休息，不要熬夜，避免劳累，保持心情轻松愉悦，以清淡饮食为主，忌生冷辛辣刺激性食物。可以适当的锻炼身体，提高自身的免疫功能。
巧克力囊肿手术后打针一般是3~6个月，主要应用的是促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），预防巧克力囊肿复发，也可以治疗手术后疼痛不缓解的病人。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理变化。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
