中枢性闭经的治疗需要对因治疗。无论是全身性疾病还是其他原因引起的闭经都会出现激素异常，所以激素替代疗法是治疗闭经的常用方法，激素替代疗法包括雌激素替代疗法、人工周期疗法、孕激素替代疗法等。
通常来说，中医可以通过物理治疗、使用药物等治疗闭经。
1.物理治疗：如果不便于使用药物，建议患者进行物理治疗，比如艾灸肾盂穴、关元穴、太溪穴、神阙穴、太冲穴、中极穴、神阙穴等穴位。
2.使用药物：如果是气滞血瘀导致的，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有逍遥丸、越鞠丸、麝香保心丸等，有助于缓解症状。
减少咖啡因和酒精：含咖啡因、酒精的饮料将刺激某些荷尔蒙分泌，而诱发皮肤发热。饮食中应避免乳制品：酸奶、乳制品、糖、肉类易造成皮肤发热，所以饮食中应尽量避免乳制品。可以多吃生菜、海带、鲑鱼(含骨)、沙丁鱼等。
生理性闭经主要是调整不良情绪，避免压力过大，合理饮食，不要服用减肥药，避免反复人流。病理性闭经还需要积极的治疗病因，同时可以用性激素替代疗法，如果有生育要求还可以诱发排卵，促进怀孕。
闭经分为原发性闭经和继发性闭经。原发性闭经较少见，多为遗传学原因或先天性发育缺陷导致。继发性闭经较为多见，分为下丘脑、垂体、卵巢、子宫性闭经。治疗方案第一为全身治疗；包括积极治疗全身性疾病，提高机体体制，供给足够营养，保持标准体重。第二为药物治疗：包括性激素替代治疗、其他激素治疗。第三可以选择辅助生殖技术。第四为手术治疗。