巧克力囊肿形成原因主要是子宫内膜异位症，内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿，子宫内膜在子宫腔内受卵巢分泌功能影响，而呈增生分泌脱落，形成月经。子宫内膜移位到卵巢内，卵巢内的内膜受卵巢分泌功能影响，也会呈增生分泌脱落，但在卵巢位置的内膜脱落不出来在卵巢内，时间长了形成巧克力样的囊肿，所以形成了巧克力囊肿。是由于子宫内膜移位到卵巢所致。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。子宫肌瘤可能和内分泌有关，保守疗法一般是考虑中医中药的方法的，建议腹腔镜手术对症治疗，术后遵医嘱预防感染、对症治疗，并定期复查。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。