确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿可以导致不孕、痛经、月经不调等疾病，如果囊肿还不大，是不严重的，可以通过传统的中药调理，西药治疗等方法来抑制囊肿的增大，巧克力囊肿的直径超过五厘米，必须要通过腹腔镜手术，开腹手术来进行治疗。
附件巧克力囊肿症状有：痛经、性生活痛、月经不调、腹膜炎和不孕，建议腹腔镜手术剥除囊肿，分离盆腔粘连，预防巧囊复发，建议尽快完成生育计划，以免出现避孕症，建议当地医院妇科就诊检查。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。对于巧克力囊肿的治疗，除了进行手术以外，不论是采取哪一种治疗方法，都有可能复发。是要根据自己的年龄以及生育要求等进行分析，选择合适的治疗方法。
附件巧克力囊肿会自己消失。巧克力囊肿就是子宫里面内膜异位症的一种，属于良性肿瘤。如果其生长的速度太快，那么必要的时候就需要做手术。假如没有什么生长，那就没什么问题了，因为这种巧克力囊肿随着时间的推移也会逐渐自行消失的。
巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位症引起的，如果卵巢内有巧克力囊肿，而且囊肿比较大，是可以考虑手术治疗的。做巧克力囊肿的切除手术再月经干净以后，选择比较正规的医院，做巧克力囊肿的切除手术，手术以后也需要定期复查。