单侧的巧克力囊肿可影响怀孕，但是不会导致不孕。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，为临床常见疾病，主要由于子宫内膜异位至卵巢，逐渐形成囊肿引起。子宫内膜异位至卵巢时，每月也可脱落，但长此以往，囊肿内形成巧克力液状黏稠液体，因此临床上称为巧克力囊肿。
因为巧克力囊肿我们也叫卵巢子宫内膜异位囊肿，它是子宫内膜异位症的一种病理表现，内膜异位症病人不孕率是高达40%。它引起不孕的原因很复杂，比如有盆腔微环境的改变影响精卵结合以及运送，而破坏子宫内膜正常代谢以及生理功能，以及卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。中重度病人，可以卵巢双管周围黏连而影响受精卵的运输，而卵巢巧克力囊肿的黏连与周围组织的黏连也是比较严重，因此它肯定是会导致不孕。
巧克力囊肿是子宫内膜移位至卵巢，影响卵细胞发育而发生不育症。治疗的原则是消除焦点、减轻疼痛、促进生育、减少复发。卵巢囊肿是相对较大的，可以超导介入治疗卵巢囊肿。达到治疗疾病和根源。
巧克力囊肿约25%病人无症状，有症状者表现下腹痛、继发性痛经进行性加重、不孕等，该疾病不孕率高达40%。新婚，未生育，有生育要求，巧克力囊肿大小5厘米，建议手术治疗，因术后复发率高，所以术后要尽早备孕，术后可以到正规医院生殖中心进行指导备孕。
巧克力囊肿的怀孕几率要结合囊肿的大小以及病程的长短来看。巧克力囊肿随着月经次数增多，会逐渐长大发生破裂，囊液流入盆腔，从而引起输卵管黏连堵塞，导致怀孕几率下降。如果是巧克力囊肿的早期，囊肿未破裂，输卵管走形正常，则仍然有较高的怀孕几率。
卵巢巧克力囊肿主要的发病因素是因为有子宫内膜异位症。有子宫内膜异位症是导致不孕的主要因素，所以如果有还是进行治疗的。需要使用药物控制。也可以做卵巢囊肿切除手术以后尽早怀孕是主要的治疗方法。