生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术治疗。另外卵巢囊肿如果小于5厘米排除病理之外，可以保守治疗，但是一般大于5厘米的囊肿就需要手术治疗了。卵巢囊肿分生理性的或病理性的。
卵巢囊肿在治疗上还是要看看囊肿的大小，如果说现在检查囊肿还小，也可通过药物保守治疗，但如果说囊肿增长过大，还是应该要考虑手术治疗才好的。如果药物难以去除病灶，建议应该考虑手术，有生育要求的，可采用保守性手术，如抽吸术，囊肿剥除，患侧卵巢切除等，以保留正常卵巢和生育功能，平时多注意点卫生的。
卵巢囊肿大多属于非肿瘤性囊肿，直径也很少超过5厘米，这些囊肿并不是肿瘤，大部分是良性的，能自行消退，无需治疗。若是恶性的肿瘤，短期内会明显增大，超过5cm，同时伴有剧烈腹痛等症状时需要及时手术。治疗期间可同房，但要适当节制性生活。卵巢囊肿一般对生育没有什么影响。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。
